() 今日はドラえもんの誕生日。ドラえもんをおどろかせるようなものを()プレゼントしたいと考えたのび太は、ジャイアンとスネ夫から裏山で虹色にかがやくチョウを見たと聞き、それをつかまえてプレゼントにしようと思いつく。ところがそれはジャイアンたちが()ついたウソだった…。
落ち込んだのび太が帰()宅すると、ドラえもん()が庭で潜水艦(せんすいかん)のようなものを修()理して()いた。ドラえもんによると、それは潜水()艦ではなく潜地艦(せんちかん())で、地中を進むことができるのだという。
そこへ突然、2階ののび()太の部屋の窓から、覆()面(ふ()くめん)をつ()けた何者かが落ちてくる。しかも、その人物とドラ()えもんの手がリングでつながれてしまったか()ら大変! 2人が()おどろ()いてい()ると、その謎の人物はそのまま潜地艦を発進させてしまう()…。
わけがわからないまま、謎の覆面と地中を進みだしたのび太とドラえもん。だが、その覆面を取ると現れたのは、かわいい女の子“ラピス”だった。彼女は宇宙から来た天才科学者だと名乗り、「あな()たたちは、今から私が行く宝探しの()パートナーに選ばれたのよ!」と言う。ドラえ()もんはラピスを怪しむが、ラピスが話す宝の中に虹色のチョウがいると()聞()いた()のび()太は、大乗り気! 2人は、彼女の宝探し()を手伝うことに…。
一方、兄にプレゼントを届けにやって来たドラミは、未来の警備隊(()けいびたい)からドラえもんたちが凶悪犯(きょうあくはん)に誘拐(ゆうかい)された可能性があると聞き、警()備隊と共にドラえもんたちを追うことに。はたし()て、虹色のチョウは手に入る()のか!? そして、ラ()ピスの本当の正体()とは…!?