剧情介绍
在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播()系统昭告大家紧急()避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并()非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何()代欧还活着。当小超在避()难时遇见一只难过的正()电拍()拍。小超()一看到神奇宝贝顿时吓坏了()，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他()打开垃圾()桶盖时，忽然负电拍拍迫不及()待地冲出来！小超又吓坏了，不由自()主地想要逃离现场，这时()忽然小卡比兽也()从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥()、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他()们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小()超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。
() 小超带大家来到他之前去的玻璃温室植物园。当小超对植物园的入口读卡机刷卡时，发()现()读卡机故障，门打不开了。正太自告奋勇地用双手奋力把门扳开。当大家为正()太喝采时，阿隆盯着小智看，轻蔑地说小智怎么还待在拉鲁斯市里，以为他惨败后早该羞愧地回老家了。小智生气地说要再跟他比一场，小遥只得劝架说现在不是时机，但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥()绝不会输给小智。小智质问她们是谁，而那位女()性解释()那两位小女生是正太的妹妹们()，オオ()ドリ（暂：大鸟）和キャサリン（暂：凯萨琳）()。女性则自我介绍是ヒトミ（暂：小瞳）。接下来()我们都知道小刚会做出什么反()应啦，而小胜也立刻拉走小刚的耳朵。
之后阿隆问大家该如何在植物园里打发时间，而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神()奇宝贝的资料。但出乎她意料()之外并没有任何代欧的资料，正太则催促她继续()尝()试（背景的小卡比兽正在睡觉）。此时小智询问一脸哀伤的小超怎么了()，而在其他人的关切下，小超开始诉说他四年前的经历。小超仰望着还在激战的两只神奇()宝贝，在大家（除了小卡()比兽）的全神贯()注下()，说代欧是从宇宙来的。四年前一颗陨石击中地表()，而从陨石中，迸出那()只被伦多博士命名为“代欧奇希斯”的神()奇宝贝。由于它侵犯了裂空坐的大气层领域，于是大激战开始。裂空坐的破坏死光之后准准地()轰碎代欧奇希斯，成为零星碎()片。阿隆对小超的故事怀疑()并嗤之以鼻，而()正太也叫小超别把他们当小孩骗，并反问为何代欧现在还活着？小超只能回()答他不知道。
此时在温室植物园上空，代欧开始复制自己的“影子代欧”分()身。分身群一看到四处躲藏的惊慌市民，居然就开始冲下来，掳走市民到不知名的地方去了！
在植物园中小智()他们仍藉着小瞳的电脑收听广播。记者播报现在拉鲁斯市被?\罩在代欧所形()成的透明罩里无法对()外通行，并且影子代欧()们群仍不停地掳走人们。小瞳关掉电()脑，正太则担心被困在这里。在窗外的影子代欧群不时地逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然一只分身冲破玻璃屋顶进来，小超看到赶紧叫大家赶快跑，但影子代欧却已经冲下()来了！正太叫出水箭龟用高压帮浦，却对影子代欧无效。就在正太纳 闷为何无效的时候，从背后另一只影子代欧偷()袭正太和水箭龟，从屋顶破洞把他们掳()走了！阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢，小智叫皮卡丘用十万伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，双胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线。这()些神奇宝()贝在对付影子代欧群时，小智叫大家赶快逃走，阿隆则问小超是否知道紧急出口在哪。突然小()刚发现他的宝贝球无法打开了，其他人也惊觉他们的也不行。
影子代欧()又杀出重围逼近小超，害他只好继续逃躲。阿隆叫火焰鸡攻击影子()代欧，并叫大家别管他()而先行逃()离。阿()隆请小遥照顾()好他的两个妹妹，但小()遥不想丢下阿隆不管。此时小刚正着()急地想()叫醒小卡比兽（居然()到这节骨眼还在睡()），而火焰鸡持续使出上勾拳拖延时间，让小遥她们有()时间跑到出口。小遥叫正在战斗的小智他们赶()快跑过来，但小智他们还是吩咐小遥她们先行离()开。忽然，小卡比兽打了大大的呵欠，同时嘴里冒出白光照射整个温室，居然把所有影子代欧给光分解了！小智他们便趁机跑向出口离开。
此时在伦多博士的研究实验室里，伦多博士不省()人事地躺平。助手春野手持电击棒，嘴里假惺惺地()感谢伦多博士的努力带给他不少的方便，忘我地盯着水晶球体，幻想自己能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝贝界的大()革命()。这时忽()然有人敲()门把春野吓了一跳。原来外面是小超和一行人，小()超则对一()行人解释实验室是建造在植物园的底()下。春野这时开门让大家进去，但实验室里都不见伦多博士的人影。小超问()春野父亲的()下落，春野骗说伦多()博士已经出门找他了。小超担心外面那么危()险爸爸会不会有事，春野则叫小超不要穷担心。小智打算出去寻找博士，但阿隆则叫小智不要贸然行动造()成大家的担心。一群人便待在一起等伦多博士回来。
已经晚上了，却仍不见伦多博士的()踪影。大鸟和凯萨琳一直喊累()喊饿()，阿隆只好哄她们安静再()等一下。此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和()凯萨琳，那对双胞胎()以为这只好心的神()奇宝贝带给她们食()物，却看()到小卡()比兽当面把三明治()吞掉了！两个女生顿时大哭，小智则决定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危险，但这次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾随。
在外头可看到影子代欧四处飘移，如()同在巡逻一般。小智他()们放()低姿态以免被发现，并一起计画找寻()食物()大作战。当影子代欧暂时离开后大伙便分头行进，而小智、皮卡丘和小()刚找到了一台热狗贩卖机，但()电源切断了()。小智叫皮卡丘使出十万伏特，那台电动贩()卖机便()一边启动一边播放音乐，热狗()不停()地掉出()来，小刚他们就尽可能地抓了一大把()。忽然，小刚把小智压在()地上，并叫他不要出声，原来头顶上飘着一群影子代欧。小智他们躲在贩卖机后面，但机器的音乐却还在播放！影子代欧听到音乐后往贩卖()机逼近，小智他们则吓得()以为死定了。忽然小超和正、负电拍拍从另一头走出来，完全不知道影子代欧的存在。分身们立刻冲向小超，但正()、负电拍拍()联合用了电击绝招保护小()超。这时，一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超！小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬()它的一只手臂，小超便挣脱成功了。小智问小超是否安然无恙，皮卡丘则持续攻击其他分身。但为()数实在太多了，小智叫大家赶()快逃()离，但小超仍担心负电拍拍的安全。小刚呼吁他们自身的安全更重要，于是他们便逃离现场了。他们来到一间开着窗户的建筑物，于是便爬进窗户躲藏。影子代()欧群飞掠过来，幸好没有发现小智他们的()踪迹。在稍微喘气后，小超发现正电拍拍为它的同伴难()过，便试着抚摸安慰正电拍()拍，却因为幼年创伤的身体排斥反()应让他无法这么做，只好对正电拍拍道歉。此时皮卡丘在这()栋建筑里找到一瓶水，让大家心情好了起来。
之后大家费了一番力气回到实验室，并()一面吃着热狗一面称赞多好吃。此时()阿隆()指着小瞳的电脑广播，告()诉小智那些被影子代欧掳走的人们（包括火箭队…和可达鸭）都被带()到不知名的地方。小刚对那()个特定地方()感()到奇怪，这时忽然听到伦多博士的声音()！原来他从柜子里昏沈地爬出来，显然不知道自己被电昏的事情。博士()说代欧正在找它的朋友，并问大家春野在哪里。大家说春野出去了，博士环顾四周发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博士则回答，那球体是代欧奇希斯的另一()部份身体。之()后博士()透露原来那球体就是让代欧再生、复制的关键()！小胜告知春野带着球体离开了，阿隆则猜()测原来代欧就是为了找回这球体才返回攻击大家的。
忽然，之前在植物园里的神秘()光芒又出现在小超面前和他“谈话”。小超向大家介绍这是他在()植物园认识的朋友，之后那()光芒形成另一只代()欧奇希斯()的身影。小超告诉父亲或许水晶球体还有生机，便冲出去寻找，后面跟着其他()人。
此时在拉鲁斯市的偏()僻处，春野带着一只箱()子疯狂地跑。忽然从两只神宝的战斗中射来一束死光，在附近的地面爆炸让春野失去重心并摔倒箱子滚出水晶球体。爆炸()引发的碎石开始落向春野，而这伦多博士的助手就被掩埋了。在天空中的()两只神奇宝贝也没()闲着，裂()空坐开始用身体紧缠代欧，让代欧无法动弹。
小超后头跟着其他人，藉由那个光()芒的带领下继续向前跑。小超现在了解为何代欧奇希斯不想要孤独，并感同身受地决定要成为代欧的朋友。其他人也决定帮助小超停息裂空坐与代欧之争。此时春()野挣脱瓦砾堆，一边咒骂水晶球体带来()他的麻烦。春野这时困惑地找寻水晶球体的下落，但立刻信誓旦旦地自信一()定能很快找到。他拿出遥控()器按了钮，激发不远处的水晶球体射()出强()光()。在天空中，被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体，脸上()顿时露出愤怒的表情。回到地上，引导小超的光芒正往水晶球()体发出的强光接近，小智则兴高采烈地说找到了。阿()隆觉得奇怪为何水晶球体会发出强光，大家便蹲下()来端详。此时春()野出现说水晶球体是他的，并伸手准备拿的时候，一群影子代欧过来把春野包围住了。阿隆认为它们()也是要来拿水晶球体，此时小智决定，这次要帮助春野…！！
