在第二次新吉恩战争()、别名“夏亚的()叛乱”终结后,地球()圈取得()了短暂的和平()。
这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内()容为--被认()为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉()恩的残党军“袖付”。
另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽()·本的少()女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎()比之女,美()耐巴·扎比)奥黛丽为了制止()新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。
随后,地球联邦()察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团()的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将()出生的秘密告诉了巴纳吉,并()且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。
随后,一场()围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……()