创圣纪0011年()的地球,由于()11年前的大异变,人()类丧失了2/3的人口。
南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们()将生物机械()兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄()取生()体能源「Purana」()。
另一方面,人类决心反击,从海()底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」。这是()1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将()现身。
要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人()。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起()来。
而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…